Так можно добраться до визуализации молекул...)))

import pygame
import random
pygame.init()

win = pygame.display.set_mode((500,500))
pygame.display.set_caption("")

state = 0
run = True
while run:
    

     
    for event in pygame.event.get():
        if event.type == pygame.QUIT:
            run = False
        if event.type == pygame.KEYDOWN:
         if event.key == pygame.K_RETURN:
          pygame.image.save(win, "image.jpg")
    if (state == 0):
     win.fill((0,0,0))
     state = 1     
     for  circleY in range(50,450,50):
      for  circleX in range(50,450,50): 
       pygame.draw.circle(win, (255,255,255), (circleY,circleX),15)
       pygame.draw.line(win, (255,255,255), [circleX, circleX], [circleX, circleY], 3)
     pygame.display.update()
          
      
    
    
    
     
    
pygame.quit()